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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已界面显示出范围广的生物技术活性酶类，涉及抗肺部肿瘤和抵抗毒能力。通畅，三萜是顺利通过甲羟戊酸路经合成视频的，并从非天然绿植的和白色念珠菌中分离出。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上提出了题写“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的分析论文题目。该分析看见三萜类有机物虫草酸（GA）是按照溶液培养教育的无柄虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的生物技术制品转变成有的。利用转录组和蛋清质组学技术应用工艺进的一步宇宙探索无柄虫草菌丝体中DHT有每种虫草酸（GA）的制度化，并要根据两组学技术应用工艺检查到的不同人类基因和不同蛋清，得出DHT 生物技术制品制作而成 GA 的行业。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录酚类化合物析和功用划分类别

根据对无柄灵芝粉细菌菌丝体对其进行转录组测序共取到67230个转录本和14293个单表观遗传。在等单表观遗传中，496个被检测为差别传达表观遗传（DEGs），但进来213个传达上涨，279个传达调低（图1A）。GO聚集浅析后，DEGs为生物体的的步骤中（BP）、组织材质（CC）和氧分子作用（MF）3类。在BP类中，导致了前4个子类：抗菌素化解消化吸收的的步骤中，乙酸盐消化吸收的的步骤中和甲酸盐消化吸收的的步骤中 ;而在CC类中，组织外区、突触和好体、突触组成是前4个亚类。这对于MF类，甲酸脱氢酶（NAD）几丁质酶酶、氧化反应抹除酶几丁质酶酶和酸氨（或酰胺）衔接酶几丁质酶酶是前4个亚类（图1B）。在DEGs的KEGG环路浅析中，前30条聚集度最多的环路有27条属消化吸收，但进来甲烷气体消化吸收、乙醛酸盐和二羧酸盐消化吸收、丙酸盐消化吸收无线信号环路明显聚集（图1D）。

图1|转录多组分析和职能细分

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

能够对无柄野生灵芝病菌菌丝体进行胆固醇质组学浅析，一共选择了16,457种与众不同肽、2606种胆固醇质和2588种降钙素原检测胆固醇质。在阈值法|FC|>1.2和p<0.05的需求环境下，将在2606种胆固醇质中，94种被技术鉴定为异同展示胆固醇（DEPs），这里面52种调整，42种下降（图2A），图2C显视了异同展示胆固醇的聚类分享浅析热图。从GO浅析去看，BP种类显视，基本都数DEPs参与到醋酸钠盐产生全阶段、抗生素类分离产生全阶段和药剂分离产生全阶段。CC类DEPs在生殖体内部外区、过化合物物酶体和微体中总量最低，化合物还原故宫场景酶活性酶酶类和甲酸脱氢酶（NAD）活性酶酶类在MF类中DEPs的比例图最低（图2B）。与转录组毕竟相同，KEGG环路浅析显视，有很多DEPs在产生中聚集，这里面3条最聚集的前提条件是光合动物中的碳特定、碳产生和MAPK走势环路（图2D）。然而，能够浅析GO数据统计库的CC对DEPs进行亚生殖体内部精确定位浅析和批注（图2E），DEPs大部分分布区在生殖体内部质（40.66%）、生殖体内部膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），说法上是GAs动物制成的大部分职位。

图2|蛋白酶质组的参考值定量分析和实用功能认证

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

为业物应用和剖析组得票数DEGs和DEPs生产了维恩图，有20个范围内的关系描述人类dna（图3A）。对转录组和蛋清酶酶质组中E组和C组一共的DEGs/DEPs采取聚类进行分享法进行分享，挖掘mRNA和蛋清酶酶质范围内有1五类调整人类dna和五类降低人类dna，DEGs各自翻泽的DEPs描述的水平呈正对应联，系统设计Pearson的对应联标准值进行分享，在转录组和蛋清酶酶质组范围内论文检测到相较高的对应联性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）验测最终信息显示，E组和C组17个DEGs的表示品质文化差异差异性，表中9个为上浮DEGs，二个为再降DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的表示走势与转录类物质析最终一样。

图3|核膳食纤维组的按量分析一下和工作检验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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